В 1910 году Департаментом земледелия была организована Псковская сельскохозяйственная опытная станция на базе почвенной лаборатории для изучения способов возделывания льна, проведения сравнительных испытаний различных сортов льна-долгунца и его селекции.
С организацией в 1930 году Всесоюзного научно-исследовательского института льна Ленинградская опытная станция, а затем Псковская, становится его зональной льняной опытной станцией. В 1956 году на основании Постановления ЦК КПСС и Совета Министров СССР была организована комплексная Государственная областная опытная сельскохозяйственная станция с расширением научной тематики по селекции и агротехнике льна, по переработке льнопродукции и по экономике льноводства.
По Постановлению ГосАгропрома СССР № 60 от 27.10.1987 года и приказа № 12 от 05.02.1988 года отделения ВАСХНИЛ по НЗ РСФСР на базе Псковской государственной областной опытной сельскохозяйственной станции был организован Псковский научно-исследовательский институт сельского хозяйства, который продолжил проведение фундаментальных и прикладных научных исследований в области селекции и семеноводства льна и растениеводства сельскохозяйственных культур.
В соответствии с Федеральным законом от 27.09.2013 г. № 253-ФЗ «О Российской академии наук, реорганизации государственных академий наук и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации» и распоряжением Правительства Российской Федерации от 30.12.2013 г. № 2591-р Институт был передан в ведение Федерального агентства научных организаций (ФАНО России).
В соответствии с Приказом ФАНО России от 10 мая 2018 г. №382 Псковский НИИСХ вошёл в состав ФГБНУ «Федеральный научный центр лубяных культур» в качестве филиала.
ФГБНУ ВНИИМЛ реорганизовано в форме присоединения к нему ФГБНУ «Псковский НИИИСХ» с последующим переименованием в ФГБНУ «Федеральный научный центр лубяных культур», который находится в ведении Министерства науки и высшего образования Российской Федерации.
В 2020 году в соответствии с приказом Минобрнауки России от 03.02.2020 № 171 Псковский институт сельского хозяйства реорганизован в обособленное подразделение ФГБНУ ФНЦ ЛК в городе Псков.