В 1992 году в соответствии с решением Правительства Российской Федерации на базе Всероссийского НИИ удобрений и агропочвоведения имени Д.Н. Прянишникова, Смоленского филиала ВНИИ электрификации, Смоленского филиала ВНИИ животноводства, Смоленского филиала ВНИИ гидротехники и мелиорации, Смоленской государственной областной сельскохозяйственной опытной станции имени А.Н. Энгельгардта, Смоленской государственной станции по луговодству и кормовым корнеплодам, Смоленской научно–исследовательской ветеринарной станции был создан Смоленский институт сельского хозяйства.
С 1992 по 2014 годы Институт находился в ведении Российской академии сельскохозяйственных наук. В соответствии с Федеральным законом от 27 сентября 2013 года № 253-ФЗ «О Российской академии наук, реорганизации государственных академий наук и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации» и распоряжением Правительства Российской Федерации от 30 декабря 2013 года № 2591-р Институт был передан в ведение Федерального агентства научных организаций (ФАНО России).
В соответствии с Приказом ФАНО России от 10 мая 2018 г. №382 Смоленский ИСХ в составе с ФГБНУ Смоленская ГОСХОС имени А.Н. Энгельгардта вошёл в структуру ФГБНУ «Федеральный научный центр лубяных культур» в качестве филиала.
В 2020 году в соответствии с приказом Минобрнауки России от 03.02.2020 № 171 Смоленский ИСХ реорганизован в обособленное подразделение ФГБНУ ФНЦ ЛК в городе Смоленск.